りんりんさん、ナギサと言います。

社員とバイトの恋愛がよくあるのかどうかということですが、
私がバイト先で働いていた時、普通のアルバイトやパートより立場が上のアルバイト(以下仮名でリーダー)と分担が分かれており、社員とリーダー、リーダーとアルバイト、リーダーとリーダーなど様々なカップルがいました。40代30代といい年をした大人の方の恋愛です。
率直に言いますが、上司部下の社内恋愛では周りから「贔屓しているのではないか。色目を使っているのではないか」という目で見られる覚悟は貴方にあるでしょうか？上司が職場関係を最悪にすると、その部下も悪い目で見られます。そして、上司である貴方には節度が試されます。社員である限り、貴方はバイトからすれば何歳だろうと上司です。時には貴方から彼へダメなものはダメと言えることが必要になってきます。
学生の時と同じような感覚で恋愛はできません、そういう覚悟はできてますか？
上記は気持ちが通ってからを前提としていますが、大人でも難しい恋愛だと思っておいた方がいいです。どのみち隠していてもバレますし、悪いように言う人はどこにでもいるわけで防ぎようがないんですけれども、貴方が社員である以上何年か長くその店を務めるということなので、職場関係も貴方にとっては大事なことです。

上記を理解したとして、今の状況を改善するにはですが、食事に誘って職場の話をしたりその他の話をしたりと、職場の人間関係という形であくまで話してみてはどうでしょう？
彼から貴方へ食事を誘ってくれたのなら、貴方からのお誘いは嬉しいと思います。
そこから少し掘り下げた話ができるようになってから、彼と付き合うかどうかを考えてもいいでしょう。
恋愛で舞い上がっている気持ちはよくわかるのですが、彼が職場を辞めてからのことも、職場のことなど他のことも含めて考えた方がいいですよ。

長々となりましたが参考までに。