貴方の言うかっこいいが、

>御手洗行こうとしたらすぐに気づいて案内してくれる。
>店でようとしたら、携帯忘れてたらしく届けてくれました。

から来ているとしたら、これは店員としてごく当たり前の行動をしたに過ぎないので、勘違いだと思っておきましょう。
所作自体もその仕事が長ければ自然と綺麗な型が身につくと思いますしね。
声や容姿だったら、敵は多いと思っておきましょう。


>御手洗行こうとしたら気づいてはいましたが今回は案内してくれなかったので、もしかして覚えてるのかな？と思ってますが…これぐらいでは覚えられてないですよね？

一か月以上開いて二度目の出会いなら、覚えているのは無理だと思います。
お手洗いへの案内はあなたの行動を見て判断しただけかと。
立ち上がってきょろきょろしている人ならお手洗いかお会計でしょうから聞いてきただけでしょう。
（食事が途中ならお手洗いだと判断できますしね）
二度目の時はすぐにお手洗い方面に向かったので案内する必要はないと判断したんだと思います。


>仲良くなるのに、2人で行っても問題ないですか？

客として幾分には自由でしょうけど、仲良くなるのが目的なら一人で行った方がいいのでは？と思います。
彼があなたの友達の方を気に入る可能性はなくしておいた方がいいでしょうから。


>何回ぐらい会って覚えられるでしょうか？

貴方ならどうですか？
私は物覚えが悪い方なので、間を空けて来られてもなかなか覚えられないと思います。
逆に2・3日おきに通った方が覚えてもらえ易いのでは?と思います。


>何回か会えば連絡先渡しても嫌がられないでしょうか？

回数は関係ないでしょう。
店によっては客とプライベートの連絡先を交わすのを禁じている所も有るので。
その店がそうなら、迷惑にしかならないでしょうね。


はっきり言って飲食店の店員さんと仲良くなるのはかなり難しいと思います。
常連になって、常連として扱ってもらえるようになってからがスタートだと思います。
そんな金も時間もかけられないというのなら、縁がなかったと諦めるしかないと思います。

たとえ頑張ったところで相手に恋人や奥さんがいたら、そこであきらめなければならない恋です。
頑張るならその覚悟を持ってからにしましょうね。

追記です。

お店に通う頻度としては、月に1回、多くても2回を考えています。
ペースとしては遅いですか…？