初めましてハーモニーさん。
片思いの男の子に｢さん付け｣されているとありますが、それはクラス内だけではありませんか？全クラスを調べてみれば、その男の子とあまり話さない女の子は同じように ｢さん付け｣されているかも知れません。

ハーモニーさんとはよく会話するのに｢さん付け｣なのは、呼ぶタイミングを見失ってしまったからという可能性があります。
文中に中１の時から一緒のクラスとありますので、ハーモニーさんと男の子は小学校は別の学校だと推測します。小学校が別だったから、初め｢さん付け｣をしたまま取れなくなったのではないですか？

もし自分だけ｢さん付け｣が嫌なのであれば、それを本人に伝えてみてはどうでしょう。方法は直接的でも曖昧にでも、遠まわしにでも構いません。
名前で呼んで貰いたい、あだ名で呼んで貰いたい、さん付け無しで呼んで貰いたい。気持ちは様々だと思います。

まずは行動してみることです。ハーモニーさんがしたいようにするべきですよ。
自分だけ｢さん付け｣という特別な存在になりたいのなら、それでもいいと思いますし…。
それでは。