私なら別れます。

一緒にいなきゃ、それは他人でしょって思わないですか？

遠距離じゃないのに、会おうとしないって寂しい関係ですよね。

他を探したらどうですか？
彼女さんは、変わりませんし、これからも寂しさは積もりますよ。

恋人との付き合い方は人それぞれです。
貴方にはあなたの望む使い方や頻度がある、彼女には彼女の望む付き合い方や頻度があります。
また、付き合いたての頃は多少無理をしたりしても何度も会いたいしまめに連絡を取りたいと思うのが普通です。
そして3か月もすればそれが落ち着いてくるのもまた普通です（で、倦怠期もやってきたりします）。

今の付き合い方が彼女にとっての付き合い方のペースなんでしょう。
貴方が必ずしも合わせる必要はないのと同じように、彼女もあなたの望むペースに合わせる必要はないんです。
できることは「譲歩点を見つけること」くらいでしょう。

もしもそれができないのなら、あなたと彼女は相性が合わなかったということで、別れても仕方がないと思います。

どうすべきかは二人で話し合って二人で決めるべきだと思うので、一度とことん話し合ってみてはいかがでしょうか？
お互い納得のいく譲歩点が見つかるといいですね。

見つからない上に彼女の付き合い方に納得がいかなければ、彼女と別れて新しい道に進めばいいと思います。

既婚男性です、

彼女が男性で、yutaさんが女性であれば、ここでは割とよくある相談内容です。

交際期間が３カ月～３年ならば、合わせて倦怠期が来たのかな、とは思いますが。

交際期間及び、過去に倦怠期はなかったのですか？

もしそれに該当するのなら

「彼女だけ 倦怠期 乗り越え方」とか「彼女が倦怠期 どうすれば」などで調べてみましょう。