彼は相当追い込まれているわけで、それをどう思うかかと思います。
一人にしておけないと思うなら、いまは付き合ったままでも良いのかなと思います。

また、リスクとして元カノが「養育費だせ！」や「元に戻りたい」などと言い出すかもしれません。
彼氏も自分の子供かもしれないだけに、何も言い返せず認めるかもしれません。
自分がした失敗じゃないのに、巻き込まれて自分が不幸になる必要なんてない。
深手を負う前に今別れた方が良い。まして、付き合う前とはいえ、元カノと！絶対ありえない！
と、全てを知った友人や家族から猛反対されるでしょう。
それでも自分の問題として捉え、付き合いきれるのかという問題です。

同時に、子供を産むまで秘密にしていた元カノに発言権はないように思います。
彼が彼女に事前に相談されていたならまだしも、産んでから「どちらかわからない」と言われても
それは彼女の責任です。と彼が割り切って過ごせるタイプなのか。

生まれた子供のことを考えても、
彼は一旦　フリーになった上で元カノとの関係をはっきりさせた方が良いとも思います。
その子供に罪はないわけですし。

もちろん、彼を見放すのってどうなのかなという思いもあります。
そして、彼の子供か確定していない中で結論出すのも後味悪いですし。
なので、やっぱりそのへんはっきりさせてもらうのが先決かと思います。
もちろん言いにくいことでしょうが、あなたの人生も変わるし、
彼の人生も変わります。はっきりさせとくべきです。

ただ、あなたが次の相手を見つけるなら
早い方が良いという風にも思います。

私なら、まず彼をいたわりつつ、誰の子供かはっきりしてもらい、
その上で、彼の子供だったとしたら、
元カノとの関係で自分の人生狂わされたくないのですぐに別れます。
彼が結論をだそうとしなければ、それでも別れると思います。