好きだけど、そばにいて会いたい時に会えないから寂しいと言ったんじゃないでしょうか？

どうしたらいい？と質問したらどうでしょう？

>して欲しくないと言った事もするし、

そのして欲しくないことは何か書けますか？


>以前（出会ってから電話が出来る時間はずっとしています、寝ている時も繋げたまま）とは変わりそんな彼女が電話を切ってみたり（私が寝た時等）

電話って携帯ですか？
かけてくるのはどちらから？
携帯代が高くなってしまい、切れるところで切らざるを得なくなっている可能性は有りませんか？


>愛情表現もしなくなったり電話しても元気の無さを感じます。

貴方はしていると言い切れますか？
彼女はしているけどあなたからのは少なく感じるから、それが寂しさにつながっている可能性はないと言い切れますか？


▽ここからは私の経験上思うことで会って、正解でない場合もありますが、あなたの役に立つかもしれないので書いておきます。

>彼女の｢寂しさ｣を拭ってあげたいのですが、漠然とし過ぎていて（何が原因なのか）、どうしてあげればいいのか困っている現状です。
>寂しさを訴え始めたのは、私が仕事に復帰し始め電話出来る時間が減ってからです。

たぶんあなたでは無理だと思います。他の誰でも無理です。
その寂しさをぬぐえるのは彼女自身だけだと思います。

いくら電話で話しても、メールをしても、物理的に彼氏と会えない寂しさってかなりのものなんです。
物理的に会えない以上、彼氏にどうにかしてもらえるわけではありません。
彼女が彼女自身で一人でできる趣味をもち、それでその寂しさを晴らすしかないと思います。

ここで怖いのは「他人」で寂しさを埋める行為です。
それは浮気に発展しかねないので。
なので一つの手として、あなたと彼女さんで何か新しく始めてみませんか？
共通の趣味を楽しみ始めれば連帯感も生まれて、少しは減るんじゃないかな?と思いました。
（絶対に減るとは言い切れませんが）